肠病毒在分类上属微小病毒科，肠病毒属，人类肠病毒种。含单股核糖核酸的病毒，有超过60种以上不同的血清型，传统上，基于肠病毒在组织细胞中的复制与动物模式可分为小儿麻痹病毒与人类肠病毒A、B、C、D等五大类。新生儿受到肠病毒的感染导致重症，主要是非小儿麻痹病毒的肠病毒引起的，以柯萨奇B型病毒、伊科病毒为主。
1、生产过程垂直感染
很多新生儿受到肠病毒的感染被认为是经由生产过程中接受到母亲的血液或生殖道的分泌物，或生产后接触到母亲口咽分泌物或暴露的粪便所致。
2、子宫内被感染
也有不少肠病毒感染新生儿是在出生后的几个小时内就发病，那么肠病毒感染可能是胎儿在子宫内就发生了。通过生产后自羊水培养出肠病毒、在新生儿的组织检测到肠病毒的抗原，以及新生儿出生第一天就可自血清中检验出中和抗体，都支持了这种可能性的存在。
3、来自于家族成员
肠病毒曾经从怀孕妇女与受到肠病毒感染的新生儿母亲的喉头、肛门、子宫颈拭子(Cervical swab)等检体培养出来，也有高比例的肠病毒被从家族其他的成员中培养出来，如兄弟姐妹或父亲。
4、经由胎盘传导
另外肠病毒曾自胎盘培养出，这表示子宫内的感染是经由胎盘传导的。肠病毒可自怀孕妇女的粪便或子宫颈分泌出来，与肠病毒可在羊水中生长这些发现也都显示上行性感染的可能性。基于病毒血症与临床症状都是出生后一两天发生的，曾有报告估计大约22%致死的新生儿是由柯萨奇B型病毒的感染，11%的伊科病毒的感染都是在子宫内就得到的。