1、木瓜的冬剪以短剪为主，疏密为辅的原则。一般除主侧枝顶部的延长枝外，对各类枝的基部或中部所萌发的营养枝，一般从基部疏除，如果空间大，可以留一枝在5～12厘米重短截，对当年萌发的下垂枝、内向枝及生长较近或较密的重叠枝，都从基部剪除，枝条之间保留15～20厘米间距，过密的都要疏除。木瓜每年修剪后将发出大量的长、中、短枝，枝叶密挤，养分分散，影响通风透光和花芽的形成，对盆栽观赏木瓜，必须做好掰枝和疏果工作。
2、一般在5月中下旬至6月上旬，疏枝与疏果同时进行。即从树冠下部主侧枝基部开始按枝序沿枝往上，由内到外疏除，把各主侧枝上所萌发的小型营养枝大部分用手掰掉，保留部分簇状短枝，对冠内有空间可酌情保留少量分叉枝或结果枝。对靠近果实的枝叶，为防止磨损果面，要酌情掰掉或剪去半个叶片，对各主侧枝顶端萌发的整个新梢，也酌情掰去一部分，以便培养壮枝。同时根据品种果个大小及各类枝条的负载力留果，尽量保留枝条基部或中部的果实，留果间距20～30厘米。
3、对多年生盆树，一般冬剪时只疏剪直径1.5厘米以下，分叉枝条及小枝，凡直径1.5厘米以上者，为防枯裂，在翌春发芽后树体养分活动时疏除，一般用蟠扎整形，调整枝条的角度与位置。由于木瓜结果母枝顶生，对有用的结果母枝一律不行短截，对结果下垂者宜自基部剪去，留基部的新枝更新。对于强旺的新梢及结果枝带头枝，应在夏季进行控制，有用的进行摘心，无用的要及早从基部疏去。根际的萌蘖枝应及时疏除。对主枝上的直立枝，竞争枝要及时疏去，缺枝部位，留1～2芽短截，促生分枝。