与传统的单载体疫苗相比，双载体疫苗有效性与之相当，但安全性更高。
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进口 PCV 13 标准程序为： 2、4、6 月龄各接种一次进行基础免疫，12～15 月龄加强免疫一次，共四剂。基础免疫的第一次接种时间最早可以在 6 周龄，以后各剂接种间隔为 4～8 周，内地大部分省份要求在 6 月龄内完成基础三针接种。第四剂在 12～15 月龄接种，与第三剂接种时间间隔不得少于 8 周。
国产 PCV 13 接种程序为： 2～6 月龄：按照 2、4、6 月龄或 3、4、5 月龄完成基础免疫，第四剂在 12～15 月龄接种。 7～11 月龄：2 剂，间隔 2 个月，加强针 12 月龄以后接种，与第 2 剂间隔至少 2 月。 12～23 月龄：接种 2 剂，间隔至少 2 个月。 2～5 岁：接种 1 剂。
早产儿按照实际月龄接种。