不查重，查重系统不会对本科论文的结构进行检测，论文结构的好坏不会对查重结果产生影响，论文查重系统只会对论文中的纯文本内容进行查重，并不会对论文结构进行检测，因此论文结构不会影响论文重复率的高低。但是论文结构的好坏会影响论文整体质量，如果论文结构不完整或者结构混乱，读者在阅读论文时就会造成阅读障碍，在之后的答辩环节考核人员在审查论文时很容易会被扣分，因此即便论文结构不影响查重结果，学生也需要对论文结构设置正确。