不影响，论文结构的好坏不会对查重结果产生影响，论文查重系统只会对论文中的纯文本内容进行查重，并不会对论文结构进行检测，因此论文结构不会影响论文重复率的高低。但是论文结构的好坏会影响论文整体质量，如果论文结构不完整或者结构混乱，读者在阅读论文时就会造成阅读障碍，在之后的答辩环节考核人员在审查论文时很容易会被扣分，因此即便论文结构不影响查重结果，学生也需要对论文结构设置正确。
一、论文查重查脚注吗？
作为正文部分之一，脚注需要参与查重。但是，不必担心。只要格式正确，脚注部分就不会变红或变黄。我们提交的论文一般都是word版本，这个时候的脚注一定要标在标点符号前面，不管是句号、逗号还是引号，脚注都需要加在符号前面。提交pdf版本时，脚注作为正文进行查重会变红。所以小伙伴们一定要注意论文格式问题哦。此外，还有一种格式需要注意。我们需要在每个页面的脚注上标记页码，以满足学术标准。
二、论文附录会查重吗？
1.首先需要知道的是，论文的附录部分一般都是会进行查重的，论文查重系统对上传的内容都会进行检测，而附录大多来自网络，即非原创性的情况下，附录被标红的可能性就会增加；此时整个论文的重复率就会受到影响。
2.此外，附录格式也需要严格控制。如果附录格式不正确，论文查重系统将默认为论文的主体部分。此时，也可能提高论文的重复率。
3.如果大学不要求查重论文附录，可以选择在论文查重时不上传附录部分，这样就不会影响论文最终的重复率。
三、毕业论文都要查重吗？
毕业论文必须查重，现今几乎每个学校都有查重要求。论文查重，即查重重复率，也就是文字复制比，是高校对学术不端的检测。论文查重也是为了保障同学们写出来的论文不被其他人剽窃，也算是一个“专利权”，现在，对于版权的问题，上级也是很重视的，论文也算是一个人的知识产权，所以对于论文的重重把关也是很重要的。
四、知网查重查哪些部分？
首先一篇完整的毕业论文主要包括以下内容：封面、声明、中英文摘要、目录、主要符号对照表、正文、致谢、参考文献、附录、原创性声明或者授权声明、个人简历、导师简介、学习期间发表的学术论文等部分组成。其中正文部分，通常是由引文、摘要、各部分章节、总结等部分组成。大多数高校在每年毕业季时，都会统一发通知说明学校的毕业论文规范和查重说明，学校会统一下发论文样式等内容，一般会详细说明查重的范围。要是学校有具体的要求，那提交到学校的时候必须按照学校所要求的来哦。