公积金贷款还月供不是在工资里面扣费。公积金贷款还款的方式可以通过公积金账户余额来还，也可以自己转账贷还贷银行卡还款。如果是用公积金账户余额来还的话，贷款银行从借款人的公积金账户中扣除余额用来归还公积金贷款，有两种方式，一种为年冲还款法，另一种为月冲还贷法。也就是借款人办理公积金冲还贷业务。
1、自动扣除
在申请了公积金房贷之后，借款人可以选择自动扣除的方式来偿还月供。公积金自动扣款是主贷人公积金账户，辅贷人公积金账户，还款卡，三个账户中任意一个账户余额大于或等于应还贷款本息时，才能成功扣款。只要账户上有足够的余额，就能每月自动扣除需要扣的费用，不需要每个月都设闹钟提醒要还款。
2、对冲还贷
住房公积金冲还贷，就是委托银行提取个人公积金账户余额里的钱去还贷款月供或者提前还款，冲还贷分“年冲”和“月冲”两种方式。
采用年冲方式相当于每年办理一次部分提前还款，但这种方式是优先偿还公积金贷款本金的，另外每月的月还款额必须自行使用现金归还。采用月冲方式，在每个月冲还公积金贷款的“月应还本息金额”之余，也可以冲商业贷款部分的“月应还本息金额”。
如果借款人想要申请公积金提前还贷的话，需要向市住房公积金提出《提前还款申请》，由信贷科人员审查签署意见，并加盖信贷科业务章。然后持有《提前还款申请》到银行办理还款手续。