在提交申请的时候就可以同时提交实质审查申请。即使你没有提出实质审查申请，到你的申请进入实质审查阶段，专利局会给你发函，要求你向专利局提交实质审查请求。
在发明专利申请的实质审查程序中可能发生的行为如下：
(1)对发明专利申请进行实质审查后，审查员认为该申请不符合专利法及其实施细则的有关规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见或者对其申请进行修改;审查员发出通知书(审查意见通知书、分案通知书或提交资料通知书等)和申请人的答复可能反复多次，直到申请被授予专利权、被驳回、被撤回或者被视为撤回;
(2)对经实质审查没有发现驳回理由，或者经申请人陈述意见或修改后消除了原有缺陷的专利申请，审查员应当发出授予发明专利权的通知书;
(3)专利申请经申请人陈述意见或者修改后，仍然存在通知书中指出过的属于专利法实施细则第五十三条所列情形的缺陷的，审查员应当予以驳回;
(4)申请人无正当理由对审查意见通知书、分案通知书或者提交资料通知书等逾期不答复的，审查员应当发出申请被视为撤回通知书。
此外，根据需要，审查员还可以按照本指南的规定在实质审查程序中采用会晤、电话讨论和现场调查等辅助手段。
实质审查程序中的基本原则
(1)请求原则
除专利法及其实施细则另有规定外，实质审查程序只有在申请人提出实质审查请求的前提下才能启动。审查员只能根据申请人依法正式呈请审查(包括提出申请时、依法提出修改时或者答复审查意见通知书时)的申请文件进行审查。
(2)听证原则
在实质审查过程中，审查员在作出驳回决定之前，应当给申请人提供至少一次针对驳回所依据的事实、理由和证据陈述意见和/或修改申请文件的机会，即审查员作出驳回决定时，驳回所依据的事实、理由和证据应当在之前的审查意见通知书中已经告知过申请人。
(3)程序节约原则
在对发明专利申请进行实质审查时，审查员应当尽可能地缩短审查过程。换言之，审查员要设法尽早地结案。因此，除非确认申请根本没有被授权的前景，审查员应当在第一次审查意见通知书中，将申请中不符合专利法及其实施细则规定的所有问题通知申请人，要求其在指定期限内对所有问题给予答复，尽量地减少与申请人通信的次数，以节约程序。
但是，审查员应当注意，不得以节约程序为理由而违反请求原则和听证原则。