税务机关有权核定纳税人应纳税额，并可以采取行政强制措施，但纳税人也有权申请复议或诉讼维护自己的合法权益。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第四十五条规定，税务机关可以对纳税人的申报情况进行核查和调查，对纳税人的应纳税额进行核定。如果纳税人未及时申报、报告或者不配合税务机关进行核查、调查的，税务机关可以按照法定程序进行行政强制措施，例如责令补缴税款、加处罚款等。然而，作为纳税人，也有权申请复议或者提起行政诉讼，维护自己的合法权益。在税务机关对纳税人的应纳税额进行核定之后，纳税人通过复议申请或者提起行政诉讼，要求税务机关重新审查其应纳税额的计算是否正确。如果纳税人对税务机关的行政行为不服，也可以依法向法院申请行政诉讼。需要注意的是，在申请复议和行政诉讼时，纳税人需要提供充分的证据材料，证明自己的诉求是合理合法的。
如果纳税人对税务机关核定的应纳税额不服，拒绝缴纳的后果是什么？根据《中华人民共和国税收征收管理法》相关规定，纳税人拒不缴纳税款的，税务机关可以采取强制性措施。这些措施可能包括：责令停业、查封、扣押财物、罚款等，情节严重的甚至会被追究刑事责任。
税务机关有权对纳税人的应纳税额进行核定，但纳税人也有权利通过复议申请和行政诉讼等方式维护自己的合法权益。如若不服税务机关的决定，纳税人应该及时提供有力证据进行申诉。同时，在遵守相关税收规定的前提下，纳税人应该尽量规避因为不合理计算所导致的误解和矛盾。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十九条 纳税人未按照规定报送所需的各类资料或者未及时履行其他纳税义务的，税务机关可以责令其限期补正，并可以在规定的期限内对其应纳税额进行核定。