一、怎么认定罪犯的正当申诉
1.理由的主客观性。通常情况下，理由的主客观性是判断其是否正当的基本标准。若当事人在原审中未提出上诉的理由是由客观因素造成，一般可以认定为正当理由，比较典型的一是法院审理存在瑕疵，如法院未经合法的送达程序导致当事人缺席判决;二是法律未赋予上诉权，如原审以调解结案或未参加原审诉讼的第三人认为与原审判决结果有利害关系;三是存在当事人难以克服的其他因素，如家庭的巨大变故、疾病、人身自由受限等。若当事人在原审中未提出上诉的原因是主观因素造成，则其理由的正当性应受到质疑。
2.理由能否归责于申诉人自身。申诉人未提出上诉的原因能否归咎于其自身是判断理由正当性的另一个标准。如果当事人未上诉是由于其自身原因或过错导致的，则不能认定为正当理由。反之，如果当事人未上诉是由于不能归责于当事人自身的原因造成的，则其理由就具有一定的正当性。以上诉费为例，如果当事人能够承担上诉费但因不愿负担而未提出上诉的，实际上是其在衡量了诉讼利益之后对诉讼结果的一种认可，这种结果完全基于当事人的自由选择，不能以此作为其未能提出上诉的正当理由。如果当事人确实存在实际的经济困难，上诉所需承担的费用很高，则其未提出上诉的理由可以认为具有一定的正当性。
3.理由是否有必要的证据支持。当事人认为未提出上诉的理由具有正当性，应当提供必要的证据予以证明，这是检察机关进行判断的依据和基础。如当事人主张因为存在其难以克服的其他因素导致未能提出上诉的，则必须就其所说的事实提供相应的证据，如家里重大变故的证明、自己或近亲属重大疾病的医疗诊断证明、人身自由受到限制的证明等。检察机关可以依据上述证据材料判断申诉人未提出上诉的理由是否合理和正当。
二、刑事申诉的理由有哪些
现行《刑事诉讼法》第203条规定了当事人及其法定代理人、近亲属作为申诉人可以提出申诉。但没有明确规定必须提出申诉理由。
关于申诉理由，本人认为可参照《刑事诉讼法》第204条所规定的提起再审的理由来执行。因为提出申诉与提起再审的理由和目的是一致的。根据该条规定，申诉理由，是指原审判决、裁定在认定事实上或者在适用法律上确有错误。所谓在认定事实上确有错误，主要表现在以下几个方面：
(一)案件所认定的主要事实或重要情节不清楚，缺乏足够的证据为根据，或者认定的案件主要事实和证据与结论之间存在矛盾;
(二)发现了新事实、新证据，证明原来认定的事实是错误的;
(三)发现当事人伪造证据，或证人作伪证、鉴定人提供假鉴定、翻译人提供假翻译等情况，故意陷害他人，致使案情虚构，与实际情形严重背谬;
(四)发现本案的侦查、检察或审判人员犯有渎职罪，故意歪曲案情，徇私舞弊，作出枉法裁判的，等等。