特殊门诊办理流程如下：经市专家委员会评审通过的特殊门诊申请人在下个季度第一个月5个工作日以后，携带《医保手册》到市医疗保险处领取《特殊病种门诊专用病历》，评审通过者从当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。
《关于开展城镇居民基本医疗保险门诊统筹的指导意见》
第六条
探索适合门诊统筹费用控制机制和结算管理的方式。根据门诊就医和医疗费用支出特点，积极探索总额预付或按人头付费等费用结算办法。充分发挥医疗保险集团购买的优势，采取定服务机构、定服务项目、定考核指标、定结算标准、定支付办法等方式，探索就医、支付、结算一体化的门诊统筹综合管理办法，有效控制门诊医疗费用。
《关于开展城镇居民基本医疗保险门诊统筹的指导意见》
第六条
探索适合门诊统筹费用控制机制和结算管理的方式。根据门诊就医和医疗费用支出特点，积极探索总额预付或按人头付费等费用结算办法。充分发挥医疗保险集团购买的优势，采取定服务机构、定服务项目、定考核指标、定结算标准、定支付办法等方式，探索就医、支付、结算一体化的门诊统筹综合管理办法，有效控制门诊医疗费用。