农村合作医疗的参保登记应当按照以下流程进行办理：个人提出申请；村协理员进行检查；乡镇有关部门初审；县农保中心复核等。复核通过之后，即可以按月缴纳农村合作医疗保险费用。
《中华人民共和国社会保险法》第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。