存缴住房公积金扣工资是不违法的，住房公积金是从员工工资里扣一部分，单位为员工缴存一部分。
《住房公积金管理条例》
第十六条
职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。
一、用人单位可以从员工工资中代扣哪些费用？
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
二、公司违法扣工资可以申请劳动仲裁吗？
公司违法扣工资可以申请劳动仲裁，以下劳动争议均能申请劳动仲裁：
(一)因确认劳动关系发生的争议；
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
三、公司不交住房公积金可单方离职吗？
公司不交住房公积金可以单方离职，根据规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
(二)未及时足额支付劳动报酬的；
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
(五)因法定情形致使劳动合同无效的；
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。