灵活就业人员社保的缴纳方式为:持身份证明、证明灵活就业状态相关凭证到当地社会保险费征收机构缴纳社会保险费,但只能缴纳基本医疗保险费和基本养老保险费。社会保险费是指在社会保险基金的筹集过程当中,雇员和雇主按照规定的数额和期限向社会保险管理机构缴纳的费用。