医疗事故赔偿问题走司法程序要多长时间，法律是没有作出规定的。人民法院立案后，用普通程序审理案件的期限是6个月，简易程序是3个月。
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十九条规定，人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月；还需要延长的，报请上级人民法院批准。第一百六十一条，人民法院适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内审结。
一、医疗事故罪需要的证据
1、门诊及住院病历。门诊病历是患者来医院就诊时最原始的证据材料，上面记载了病人的主诉、医生的查体、诊断及最后的处理意见等。住院病历包括病程记录、死亡病历讨论记录、会诊意见、上级医师查房记录、抢救结束后补记的病历资料等。门诊及住院病历是病情发展和医疗活动的真实记录，是认定医疗过失的重要依据。
2、化验单及各类检查结果。化验单及各辅助科室的检查结果，如心电图、脑电图、B超结果、X片等，这些资料是医生诊断时的重要参考，对于认定医疗事故也具有很大价值。
3、处方、药品及药品包装袋。有的医疗事故是由于医疗人员用错药、发错药导致的，而患者当时所服用药品的处方笺的底方及其复印件、剩余药液及药品包装袋等。在此类案件中极具证明力，故患者及其家属应注意保存。
4、手术中的切除组织。手术中切除组织是证明有关手术失误的最重要的证据之一，如有条件，应尽可能保存。
5、输血、输液反应的剩余液。因输血、输液反应而引起的医疗事故在实践中占有相当比例，这些案件中最重要的证据就是剩余液，故患方在输血或输液发生后，应注意保存静脉点滴剩余液和剩余的血液。
6、死者尸体。对于导致患者死亡的医疗事故案件而言，死者尸体是最有力的证据。因此，对那些因不明的案件，应尽量动员患者家属及时进行尸检，以查清医方对患者的死亡是否负有责任。
二、医疗事故诉讼中的申诉程序
1、医疗事故诉讼中的申诉程序的定义：
诉讼上的申诉，是指当事人、被害人及其家属或者知道案件情况的其他公民，认为人民法院已经发生法律效力的判决或裁定有错误，向人民法院或者人民检察院提出要求依法处理，予以纠正的行为。医疗事故诉讼中符合条件的可以适用申诉。
2、申诉的时效：
（1）对生效的法院判决，当事人不伏的，应当在2年内提出申诉。
（2）二年为不变期间，自判决、裁定发生法律效力次日起计算。
3、对生效判决，法院应当再审的情形：
（1）有新的证据，足以推翻原判决、裁定的；
（2）原判决、裁定认定事实的主要证据不足的；
（3）原判决、裁定适用法律确有错误的；
（4）人民法院违反法定程序，可能影响案件正确判决、裁定的；
（5）审判人员在审理该案件时有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的。
4、对生效的调解书，法院应当再审的情形：
（1）有证据证明调解违反自愿原则；
（2）调解协议的内容违反法律。