法律分析：在判决执行中，被告人仍有一定的合法权益需要被保护。除了判决执行程序本身的规定外，还可以通过申请暂缓执行、申请减轻或免除判决执行等方式来保护被告人的合法权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十三条规定：“判决变更或撤销后，原判决的执行应当暂停或者终止。”
2.《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十四条规定：“被宣告缓刑的罪犯，缓刑考验期内，原判决的执行暂不执行。”
3.《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十六条规定：“对于已经被执行的罚金，被告人可以申请减轻或者免除。”
4.《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十七条规定：“对于已经被执行的刑罚，被告人可以申请暂缓执行。”
5.《中华人民共和国刑事诉讼法》第三百零三条规定：“判决和裁定有明显错误的，可以申请再审。”
以上是判决执行中保护被告人合法权益的相关法律依据，需要根据实际情况选择合适的方式进行申请。