隐名股东的权利通常是以尽可能在出资协议中细化双方的权利和必须负担的责任条款作为主要保障方式的，因为隐名股东与显名股东之间的权利义务关系目前法律没有明确规定，都是通过双方之间的出资协议确定的。为了尽可能的降低隐名股东的投资风险，出资协议应当尽量完善。协议中应当约定各方的出资比例、利润分配比例、显名股东表决权所代表的利益、显名股东私自处分股权的违约责任、因显名股东自身原因造成隐名股东股权受损的赔偿责任等等事项。
隐名股东如实际参与公司的经营管理，行使股东的权利并承担相应义务，仅未办理股东变更登记手续，应该认定为具有股东资格，并责令办理变更登记。由于隐名投资本身就是一种非常容易产生纠纷的投资方式，所以为了避免日后纠纷产生时自己处于不利局面，并且良好的保护自己的权益。隐名股东应当妥善的保管好各类证据。
如纠纷已经发生，而又不能通过相关协议、协商解决的，则应尽快通过司法途径加以解决。
第一，投资前与显名股东签订书面的代持股协议。签订书面代持股协议一方面是目前司法实践中确认隐名股东地位的一个重要要求，另一方面也通过书面形式将所有权利义务固定下来，避免将来发生纠纷。如果您已经是隐名股东却没有和显名股东签署该协议，那么要尽快补签一份，因为这对双方都有利。签订协议时应当包括以下几方面内容：
1、双方姓名、户籍地址、实际居住地址、身份资料、联系方式;
2、隐名股东拟投资的企业名称、注册地址、注册资本、投资总额、主要经营范围;
3、代持股的原因以及代持股股份总数;
4、双方权利义务;
5、违约责任;
6、诉讼或者仲裁管辖。
第二，法人代表人选最好由隐名股东本人或者其信任的人担任，因为法人代表不一定要由股东担任，由董事长(执行董事)、总经理都可担任法定代表人，并且外国人也可以担任法人代表。在经营过程中很多事情可能需要法人代表签名。
第三，公司在银行的预留印鉴最好采用印章加隐名股东签名的形式。手写签名相对于印章更能保护隐名股东对财务的控制权利。
第四，隐名股东在管理公司过程中要以股东的身份预留签字，例如在股东决议等文件中。如果发生纠纷，隐名股东的确权抗辩更加充分。
第五，隐名股东最好使本公司员工清晰地认识到公司的真正股东是谁。该条规定也是实践中遵循的一条规定，切忌仅仅以公司董事长或者总经理的身份内部管理。
第六，隐名股东所有针对公司的投资必须留有书面记录，并且投资的资金一定要经过其本人的帐户中转。该条规定非常关键，因为隐名股东实际投资是证明自己股东身份的直接证据。