危险废物经营许可证应当按照以下流程进行办理：申请人持申报材料向省政务大厅环保窗口提出申请；土壤处组织专家对危险废物经营单位进行现场评审；审核通过之后即可以领取危险废物经营许可证。
《危险废物经营许可证管理办法》第七条 国家对危险废物经营许可证实行分级审批颁发。 医疗废物集中处置单位的危险废物经营许可证，由医疗废物集中处置设施所在地设区的市级人民政府环境保护主管部门审批颁发。 危险废物收集经营许可证，由县级人民政府环境保护主管部门审批颁发。 本条第二款、第三款规定之外的危险废物经营许可证，由省、自治区、直辖市人民政府环境保护主管部门审批颁发。