1、收付款双方都未入账的红冲发票处理：收款方应将原始发票（蓝色）收回，并在发票各联上加盖“作废”字样后，按正确的金额重新开具发票。
2、收付款双方都已入账的红冲发票处理：付款方凭其所在地主管地税机关开具的“红冲发票证明”，到收款方办理冲红发票手续。收款方凭付款方“红冲发票证明”，按红冲发票金额开具红字发票或负数发票后，再按正确的金额重新开具发票。同时，收款方应将“红冲发票证明”粘贴在红字发票或负数发票第一联（存根联）后，以备核查。
3、付款方已入账，收款方未入账的红冲发票处理。付款方凭其所在地主管地税机关的开具“红冲发票证明”，同上第2步。同时，收款方应将红冲发票第三联（记账联）与“红冲发票证明”一起粘贴在红字发票或负数发票第三联（记账联）后，以备核查。
4、收款方已入账，付款方未入账的红冲发票处理。收款方应将需红冲发票收回，并按红冲发票金额开具红字发票或负数发票后，按正确的金额重新开具发票。同时，收款方应将红冲发票第二联（发票联）粘贴在红字发票或负数发票第二联（发票联）后，以备核查。《专用发票使用规定》第十四条取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》(以下简称《申请单》，附件3)。《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。经认证结果为“人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。第十五条《申请单》一式两联：第一联由购买方留存;第二联由购买方主管税务机关留存。《申请单》应加盖一般纳税人财务专用章。第十六条主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》(以下简称《通知单》，附件4)。《通知单》应与《申请单》一一对应。第十七条《通知单》一式三联：第一联由购买方主管税务机关留存;第二联由购买方送交销售方留存;第三联由购买方留存。《通知单》应加盖主管税务机关印章。《通知单》应按月依次装订成册，并比照专用发票保管规定管理。第十八条购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。属于本规定第十四条第四款所列情形的，不作进项税额转出。第十九条销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《通知单》一一对应。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：
（一）应当开具而未开具发票，或者未按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性开具发票，或者未加盖发票专用章的；
（二）使用税控装置开具发票，未按期向主管税务机关报送开具发票的数据的；
（三）使用非税控电子器具开具发票，未将非税控电子器具使用的软件程序说明资料报主管税务机关备案，或者未按照规定保存、报送开具发票的数据的；
（四）拆本使用发票的；
（五）扩大发票使用范围的；
（六）以其他凭证代替发票使用的；
（七）跨规定区域开具发票的；
（八）未按照规定缴销发票的；
（九）未按照规定存放和保管发票的。