祁连山脉在青海境内东西长870公里，南北宽100-200公里。山峰多在4500-5500米，除主峰岗则吾结海拔5808米为极高山外，多为高山。祁连山脉由一系列北西西—南东东走向的山岭组成，其间有谷地分开。广义的祁连山脉中的次级山岭，从北到南分列布。
习惯上，以玉门市石油河(或白杨河)为界，分为西祁连山、东祁连山两段。东祁连山有走廊南山、冷龙岭和其支脉大黄山、马雅雪山、毛毛山。西北高东南低，一般海拔20xx-4500米;相对高差1000-20xx米，主脉海拔4000-5000米间，酒泉以南的镜铁山海拔5205米。西祁连山有照壁山、陶勒山、陶勒南山：大雪山、疏勒南山、野马山、野马南山、党河南山、吐尔根达坂山和赛什腾山等。南高北低;一般海拔20xx-5000米，主脉海拔4500-5000米间，大雪山海拔5483米，位于甘、青省界的团结峰(宰吾结勒)海拔5808米，为青海省内最高点。
走廊南山，因位于河西走廊之南而得名。《祁连山地质志》将冷龙岭也划归走廊南山。但多数地图和地理著作则把冷龙岭单独划出，即冷龙岭和走廊南山并列为祁连山脉的一级山岭。走廊南山在青海省境内雄踞黑河之北，北至省界;西起丰洛川源头，东至祁连县城附近，在青海省境内延伸160公里，宽10-20公里，山峰海拔一般在4000-4500米之间，最高峰是柴达诺山，海拔4764米。
冷龙岭，又叫老龙岭，在青海境内位于八宝河、大通河一线之北，北至青海省界，西起黑河向东延至门源县以东。在青海省境长280公里，宽30-50公里，山峰多在海拔4000-5000米，最高峰位于青石嘴以北，海拔5254米，4500以上的山峰多发育有现代冰川。冷龙岭的东南端为乌鞘岭，是东亚季风到达的最西端，为陇中高原和河西走廊的天然分界线。是中国地形第一与第二级阶梯的边界，是中国季风区和非季风，内流区域和外流区域的分界线点，是黄土高原、青藏高原、内蒙古高原三大高原的交汇处，是半干旱区向干旱区过渡的分界线。
托来山，蒙古语意“有柴禾的山”。又叫木垒山。还有陶来山、托勒山、讨赖山等名称。托来山位于黑河、八宝河与托来河、大通河上游之间。东起门源县青石嘴附近，向西延至二指哈拉山口附近。在省境内长350公里，宽20公里，山峰海拔一般在4000至4500米，最高峰是阴凹槽黑山，海拔4849米。4500米以上的山峰，发育有少量现代冰川。山岭西北段较高，是托来山的主体部分，东南段较低叫默勒山，也叫俄博山。
托来南山，又叫巴索拉岭，还有陶来南山、托勒南山、讨赖南山等名称。托来南山位于疏勒河与托来河之间，西北以疏勒河与大雪山分界，东南以萨拉河上游与默勒山分界。西段是青甘两省的界山，东段全部在青海省境内。在青海境内长200公里，宽20-25公里，山峰海拔一般在4500-5000米之间，最高峰是吾德额钦，海拔5294米，4500米以上的山峰一般发育有现代冰川。
疏勒南山，位于疏勒河之南，党河、哈拉湖之北。在青海省东起大通河源，向西延至党河支流尧勒特沟附近出青海。在青海省绵延350公里，宽30-50公里，山峰海拔一般在4500-5500米。疏勒南山西段在甘肃省境内叫野马南山，中段和东段在青海境内。中段的最高地段也是祁连山脉隆起的最高地段，5000米以上的山地分布广阔，5500米以上的山峰有三座，最高峰岗则吾结，曾名团结峰，海拔5808米。东段叫沙果林那穆吉木岭。中段和东段现代冰川十分发育，较大的雪山有八座。
大通山，位于布哈河和大通河之间，西在大通河和布哈河源头地带与疏勒南山过渡，东以北川河、大通河支流萨拉沟一线与达坂山相接。广义的大通山包括达坂山，但现代出版的地图多数把达坂山与大通山并列为祁连山脉的一级山岭。大通山山体广阔，平面呈北西西—南东东的枣核形。主岭在北部，靠近大通河，脉络尚存，山峰一般在海拔4000-4500米。南部由于青海湖水系和湟水切割，山岭低缓破碎，脉络不清，山峰海拔一般在4000米左右。大通山长300公里，宽一般50-60公里、山岭西北高，东南低，最高峰位于西端，海拔4849米。
达坂山，又叫大坂山或青石岭。位于湟水与大通河之间，西北起自北川河干流，东南至大通河下游。在青海省境长近200公里，宽一般40-50公里，山峰海拔一般在4000米左右。山体北部较高，主峰脉络清楚;南部由于湟水支流切割较低缓破碎，最高峰仙密大山海拔4353米。
党河南山，蒙古语叫乌兰达坂，意为“红色的岭”。位于党河与大哈尔腾河之间，西以当金山口与阿尔金山脉分界，东到哈拉湖西南。长250公里，宽一般20-30公里。西段是甘青两省的界山，东段全部在青海省境内。山岭东段较高，山峰海拔一般5000米左右，最高峰位于古尔班保，海拔5620米，4800米以上的山峰一般发育有现代冰川。野牛脊山、古尔班保为其东段的次一级山岭。
土尔根达坂山，又叫哈尔根达坂山。广义的土尔根达坂山包括塔塔陵河与大哈尔腾河之间的广阔山地，西起苏干湖盆地以东，东到乌兰哈德郭勒源头。整个山地东西长200公里，中部南北宽达100公里，东、西两端较窄，东端仅20公里。整个山地被小哈尔腾河、鱼卡河分为北、中、南三支。北支和南支在东部与中支合并。中支抒义土尔根达坂山的主脉。北支称察汗鄂博图岭，位于大哈尔腾河与小哈尔腾河之间。东西长75公里，南北宽10-15公里。山岭西部较低，东部较高，山峰海拔一般4000-5000米。最高峰位于东部，海拔5249米，5000米以上的山峰有少量现代冰川。中支位于小哈尔腾河与鱼卡河之间，是狭义的土尔根达坂山。东西长200公里，西部宽达60公里，东部宽20-30公里。山峰海拔一般4500-5500米，中、东部较高，海拔一般在5000米以上。最高峰果青合通夏哈尔格，位于东部，海拔5592米，也抒义土尔根达坂山的主峰。5000米以上发育有较大面积的现代冰川。南支称柴达木山，位于鱼卡河与塔塔棱河之间。主要由中生代花岗岩组成的块状山地。山峰海拔一般4500-5000米。最高峰是西部的柴旦峰，又叫红旗峰，呈馒头状，海拔5656米，发育有现代冰川。