我国大宗商品单花蜜至少有30多种。各个蜂蜜颜色略有差别，有的蜂蜜颜色深，有的蜂蜜颜色浅，那么到底是颜色深的好，还是颜色浅的蜂蜜好呢？
蜂蜜的色泽一般取决于蜂蜜的品种，不同品种蜂蜜的色泽是不同的，从最浅淡的无色到最深暗的深琥珀色，其间色泽相差很大。但绝大多数蜂蜜的基本色调在特白色至浅琥珀色之间。其实蜂蜜的好坏不是用颜色深浅来定的。蜂蜜的色泽与蜜蜂采集的蜜源种类直接相关，由不同蜜源植物花蜜酿制成的蜂蜜，色泽有明显的差别。有人认为蜜色越浅，质量越佳。确实洋槐蜜及有些浅色蜜气息清香，品质好。但龙眼蜜、党参蜜、枣花蜜同样也属于优等蜜。据营养学专家研究：深色蜜中的蛋白质、铁质的含量高于浅色蜜约50%，难怪英国人、德国人对深色蜜情有独钟了。研究表明深色蜜的矿物质含量要比浅色蜜高一些。
另外蜂蜜颜色跟采蜜环境也有关系的。前期采集的跟后期采集的颜色可能都有差别，甚至上午采的蜜跟下午采的蜜颜色都有差异。我们经常可以看到同一种蜂蜜不是同一家买的颜色也不一样，同一家买的但是是不同时期买的颜色也不一样。所以不能单凭颜色深浅来判断蜂蜜的好坏。
蜂蜜在储存过程中可能颜色有变化：
1.久放的蜂蜜颜色会加深。
2.结晶中的蜂蜜由透明变得浑浊，颜色由深变浅