临床研究证明，蜂蜜具有明显的调节胃肠功能的作用，它可使胃痛及烧伤感消失，红细胞和血红蛋白升高，对胃酸分泌过多或过少有使其分泌正常化的作用，对结肠炎、习惯性便秘、老人和孕妇便秘、儿童性痢疾等均有良好功效。
蜂蜜有缓泻作用。将100%和50%蜂蜜给小鼠灌胃0.5毫升/只，对小鼠小肠推进运动有明显促进作用，并能显著缩短小鼠的通便时间;还可作用于胃和十二脂肠的化学感受器，反射性抑制胃的分泌和运动功能，并使胃充血。每天早晚空腹服蜂蜜25克，可以促使胃酸正常分泌，还有增强肠蠕动的作用，能显著缩短排便时间，消除积食。
Haffejee(1985年)发现用蜂蜜治疗因细菌性胃肠炎引起的腹泻，可缩短腹泻持续的时间。病人的平均恢复时间为58小时，而用常规方法治疗的平均恢复时间为93小时。Sukhon(1994年)实验发现，2%的蜂蜜水溶液对蜡样芽胞杆菌(Ba—cillus cereus)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、都柏林沙门菌(Salmonella dublin)和痢疾志贺菌(Shigella dysenteri.∞)有显著抑制效果，且能够抑制蜡样芽胞杆菌芽孢的形成。Bintang(1999年)发现从蜂蜜中提钢提取出来的抗菌物质对大肠埃希菌(大肠杆菌)(Escherichia cold)，阴沟肠杆菌(Enter-obacter cloacae)和鼠伤寒沙门菌(Salmonella typhimurium)有很好的抑制作用。
消化性溃疡最常见的是胃及十二指肠溃疡，引起消化性溃疡的原因比较复杂，大量资料证实，幽门螺杆菌(Helico—bacter Pylori，简称Hp)是非自身免疫性慢性胃炎的病原菌，也是消化性溃疡最重要的致病因素。十二指肠溃疡病人几乎都有幽门螺杆菌感染，胃溃疡病人的幽门螺杆菌感染也高达80%。国内外众多学者、医生的研究和临床试验表明，蜂蜜治疗消化性溃疡的效果显著，蜂蜜不仅能保护溃疡面以利于修复，还有抗溃疡作用。坎迪尔等(1987年)证实，蜂蜜对用乙酸、水杨酸所致的大鼠实验性胃溃疡有治疗效果，但天然成熟蜂蜜的效果高于浓缩蜂蜜。坎迪尔等(1989年)进行的实验还证明，蜂蜜对阿司匹林诱发的大鼠胃溃疡治愈率为80%。沙特皇家大学医学院阿里等(1990年)进行蜂蜜对大鼠实验性胃损伤保护作用的实验，结果证明，大剂量蜂蜜对吲哚美辛引起的大鼠胃损伤有100%的保护作用，但对乙酸引起的胃损伤只有58%的保护作用。
蜂蜜具有抗酸、抗胃蛋白酶和促溃疡愈合作用，是消化道黏膜保护剂。蜂蜜治疗消化性溃疡的机制如下：①抗菌作用。蜂蜜治疗消化性溃疡的主要作用是抗菌作用。Moosa(1994年)报道了蜂蜜对引起胃溃疡的幽门螺杆菌有显著的抑制作用，Osato(1999年)认为，蜂蜜的高渗透压作用对幽门螺杆菌有显著的抑制作用。新西兰研究人员在马尼克蜂蜜分：3，5一二甲氧基一4一羟基苯甲酸(丁香酸);3，4，5一三甲基苯甲酸以及2一羟基一3一苯丙酸，对幽门螺杆菌有明显的抗菌活性。研究还表明，蜂蜜中含有葡萄糖氧化酶，它与葡萄糖作用能产生具有很强杀菌作用的过氧化氢;蜂蜜中还含有溶菌酶、黄酮类、萜和苯甲醇等抗菌物质，因而有很强的抗菌作用。②抑制胃酸分泌作用。蜂蜜对胃酸分泌有双重影响，当胃酸分泌过多或过少时，蜂蜜可起到调节作用，使胃酸分泌正常化。当胃酸过多时，特别是对于消化性溃疡病人，在饭前1.5小时食用温蜂蜜水，能抑制胃酸的分泌而且能使胃酸降低，从而减少对胃黏膜的刺激，以利于溃疡面的愈合。③促进组织再生作用。蜂蜜中含有丰富的营养物质，能调节机体代谢，特别是所含生物素和维生素E，能促进肉芽组织的形成;蜂蜜还能为溃疡周围的健康组织提供养分，加快健康组织的生长，从而促进溃疡面的愈合。④黏膜保护剂作用。胃部溃疡发炎的主要部位是胃壁细胞，在空腹服用蜂蜜时，蜂蜜很容易进入到这个部位，能起到保护黏膜的作用，特别是蜂蜜含有维生素B1、维生素B12和维生素c，可以保护胃黏膜，能有效地治疗胃溃疡。
因此，消化性溃疡病人服用蜂蜜或蜂蜜加温水调和饮用，溃疡的复发率大幅度下降。现在，澳大利亚、加拿大、美国等许多国家的大公司都无偿地提供蜂蜜饮品，要求职员以蜜代茶，以防止“现代文明病”之一的消化性溃疡的发生和提高工作效率。