蜂蜜的发酵是蜂蜜中的果糖和葡萄糖，在耐糖酵母菌的作用下，形成酒精和二氧化碳，然后在有氧条件下，分解成醋酸和水。所以，初期发酵的蜂蜜，一般带有轻微的酒味，而后期发酵的蜂蜜会有浓烈的酸味和酒味。蜂蜜的发酵过程，释放出二氧化塘，会在表面形成条纹或斑纹，逐渐变浅。当液化后，表面形成大量的气泡，散发出酒味和酸味，改变了蜂蜜原有的风味。
蜂蜜的发酵和蜂蜜中的水分含量以及储存的温度有关系。一般认为，波美度在41度以上的蜂蜜。在炎热的夏天，一般是不会发酵变质的。而波美度低于40度的蜂蜜，在炎热的夏天，就很容易发酵。其他季节都不会的。
蜂蜜的发酵会严重影响蜂蜜的品质，所以要尽量克服。原蜜因为不加热，所以要从上述两个方面着手。最好生产高浓度的成熟蜂蜜，另外蜂蜜也要储存在阴凉干燥的地方。
这里还要注意区分蜂蜜自自有的气泡和发酵的气泡。蜂蜜中含有部分蛋白质和蜡类、戊聚糖类及无机等物质组成的胶体物质，摇晃后，有时会在表层形成细密的小气泡，口感正常，无令人生厌的酒味。而蜂蜜发酵的气泡，体积上较大，有明显刺鼻的酒味和酸味。
对于有轻度发酵迹象的蜂蜜，最好放在冰箱冷藏保存，并尽快吃完。中度发酵的蜂蜜，不舍丢弃的话，可以隔水加热半小时，并不停搅拌，虽然没有了蜂蜜的活性物质，但甜味还是优于蔗糖的。重度发酵的蜂蜜，各位朋友，别想了，直接丢掉吧。