医鉴办接受两种形式的委托：医患双方当事人共同委托；卫生行政部门交由医学会组织鉴定的委托。医患双方及卫生行政部门在委托鉴定时需提供：正式委托书；相关材料（医患双方共同委托时提供）；医疗事故争议行政处理申请书复印件（卫生行政部门提供）；交纳鉴定费的收据。医鉴办收到委托后进行医疗事故鉴定的程序如下：
一、受理医鉴办接到委托书后，进行审核并出具受理通知书，自受理之日起5日内，通知双方当事人提供鉴定所需的材料：
1、住院患者的病程记录、死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、会诊意见、上级医师查房记录等病历资料原件；
2、住院患者的住院志、体温单、医嘱单、化验单（检验报告）、医学影像检查资料、特殊检查同意书、手术同意书、手术及麻醉记录单、病理资料、护理记录等病历资料原件；
3、抢救急危患者，在规定时间（6个小时）内补记的病历资料原件；
4、封存保留的输液、注射用物品和血液、药物等实物，或者依法具有检验资格的检验机构对这些物品、实物作出的检验报告；
5、与医疗事故技术鉴定有关的其他材料。
二、组成鉴定组医鉴办根据事故争议所涉及的学科，确定专家鉴定组的构成和人数，原则上至少为3人以上的单数，主要学科的专家不少于专家鉴定组成员的12。医鉴办在召开鉴定会前20天之前，通知双方当事人或其委托人从专家库中随机抽取专家鉴定组成员。双方当事人抽取专家鉴定组成员之前，要求专家回避的应说明理由（须回避的专家组成员本报8月15日曾作报道）。
三、组织鉴定医鉴办在召开鉴定会前1周内通知医、患、鉴定专家三方。出席鉴定的双方当事人每一方人数不得超过3人。任何一方当事人的无故缺席、自行退席或拒绝参加鉴定，不影响鉴定的进行。任何一方当事人对首次医疗事故鉴定结论不服的，可以自收到首次鉴定书之日起15日内，向原受理申请的卫生行政部门提出再次鉴定的申请，或由双方当事人共同委托省、自治区、直辖市医学会组织再次鉴定。