首先要看检察院做出不起诉决定的类型，是绝对不起诉、相对不起诉还是存疑不起诉。如果是绝对不起诉或者相对不起诉，之后不能就同一事实再起诉了。但如果是存疑不起诉，日后如果有相关的证据能够证实犯罪，检察院还是可以起诉的。
一、刑事案件调查不清楚怎么处理
刑事案件证据不足事实不清一般情况下会不予起诉。
1、法定不起诉。
根据《刑事诉讼法》，其适用条件为：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;犯罪已过追诉时效期限的;经特赦令免除刑罚的;依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;犯罪嫌疑人、被告人死亡的;其他法律规定免予追究刑事责任的。
2、酌定不起诉。
由《刑事诉讼法》规定：“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”
3、存疑不起诉。
由《刑事诉讼法》规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”
二、检察院一般对什么情况下不起诉
存在绝对不起诉、酌定不起诉、附条件不起诉等情形。
首先，绝对不起诉（法定不起诉）：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；其他法律规定免予追究刑事责任的，人民检察院应当作出不起诉决定。
其次，存疑不起诉：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
再次，酌定不起诉：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
最后，附条件不起诉：对于未成年人涉嫌刑法分则第四章、第五章、第六章规定的犯罪，可能判处一年有期徒刑以下的刑罚，符合起诉条件，但有悔罪表现的，人民检察院可以作出附条件不起诉的决定。人民检察院在作出附条件不起诉的决定以前，应当听取公安机关、被害人的意见。
三、诈骗罪证据不足法院还能调查吗
人民检察院公诉科审查案件后，对于事实不清、证据不足的案件，可以退回公安机关补充侦查，补充侦查期限为一个月，一个月后公安机关再次将案件送到检察院审查，对于依然事实不清、证据不足的，检察院可以作存疑不起诉处理，也可以第二次退回补充侦查。经过两次退回补充侦查依然事实不清、证据不足不能达到起诉条件的，应当作存疑不起诉处理。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
第一百六十八条人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。
第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。