民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。
行政鉴定机构主要是指医学会，是《医疗事故处理条例》这一行政法规指定的行政鉴定机构。
司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。也有些司法鉴定机构办理非诉讼鉴定案件。
1、民间鉴定机构作为纯市场主体，其优点是服务意识较强，委托人或许能有一点“上帝”感，其缺点在于片面性，结论不易被采信。
2、医学会的优势在于医疗技术力量雄厚，其劣势在于同行情结与法律欠缺，其缺点在行政处理时还能被掩盖，但受法院委托从事司法鉴定时总难免暴露出来。
3、医学会鉴定多数时候显得同行相护，个别情况同行相侵；鉴定人不署名、不出庭使鉴定结论作为证据具有致命的程序缺陷；鉴定结论总是注重是否医疗事故，对案件来说往往答非所问。
4、司法鉴定的优势在于中立性强，与案件处理的协调性强，缺点在于医疗技术力量不充分，常常需要聘请专家，费用较大，否则可能因技术不全面而影响鉴定的科学性。
5、医疗纠纷发生后，选择医疗技术鉴定机构需要高度重视，与案件的处理的最终结果息息相关。
6、鉴定机构的中立性与专业水平是最重要的考虑因素，但中立性更应优先考虑。
一、医疗技术鉴定流程
1、医患双方协商一致共同向市医学会提起鉴定申请，或患方向医疗行政部门投诉由医疗行政部门移交医学会鉴定，或由人民法院根据当事人申请委托医学会鉴定。
2、医学会受理鉴定委托。
3、由申请一方或双方交纳鉴定费。
4、医学会通知双方提交陈述书、答辩书及鉴定所需材料。
5、查看相关专科专家名录并选出需回避的专家。
6、对双方认可的专家随机编号，由医患双方及医学会随机抽号组成专家鉴定组。
7、召开鉴定会，医患双方按先患方后医方的顺序各陈述(答辩)15分钟、专家提问、退庭。
8、专家讨论，出具医鉴结论报告。
9、若不服鉴定报告，向省医鉴会提起再次鉴定。