法律分析：
如果被重疾险公司拒绝理赔染色体畸形疾病，需要从以下两个方面进行法律分析。
首先，应该确认被保险人在购买保险时是否已经如实告知自身病史和家族史。因为保险合同中通常要求被保险人如实告知，如果隐瞒病史，保险公司有权利拒绝理赔。如果被保险人如实告知自身病史和家族史，那么保险公司就应该承担理赔责任。
其次，需要确认保险条款中是否对染色体畸形疾病的理赔进行了明确规定。如果保险条款中明确规定染色体畸形疾病不在理赔范围内，那么保险公司在拒绝理赔时是合法的。
法律依据：
根据《保险法》第十六条规定，保险人应当按照合同的约定履行给付保险金的义务。同时，保险人应当认真核实保险标的和保险标的所在的环境、条件等情况。如果被保险人已经如实告知自身病史和家族史，那么保险公司必须承担理赔责任。
同时，根据《保险法》第十二条规定，保险合同中的条款应当符合法律、行政法规和国务院保险监督管理机构的规定，不得侵害被保险人的合法权益。如果保险条款中对染色体畸形疾病的理赔进行了明确规定，那么保险公司在拒绝理赔时是合法的。