法律分析：一、一般来说申请仲裁不同意调解要怎么办呢？
合同争议调解的一方不愿意继续调解的，可以通过到法院诉讼来解决合同的争议。
二、合同争议行政调解的条件
1.申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人;
2.有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据;
3.请求内容是属于法人、个人合伙、个体工商户、农村承包经营户以及其他经济组织相互之间发生的以实现一定经济目的为内容的合同争议。
下列调解申请不予受理：
1.已向人民法院起诉的;
2.已向仲裁机构申请仲裁的;
3.一方要求调解，另一方不愿意调解的。
三、合同争议行政调解的程序
1、提交材料。申请合同争议调解，应当向工商行政部门提出书面调解申请和合同副本。合同争议调解申请应当写明申请人和被申请人的名称或者姓名、地址，法定代表人姓名、职务，申请的理由和要求，申请日期。
2、受理。工商部门收到调解申请后，应在5日内决定是否受理，对符合立案条件的，通知双方当事人提交有关证据材料、法定代表人证明书、授权委托书及其他必要的证明材料。
3、调解。受理合同争议调解申请后，应指定调解员一至二人进行调解。简单的合同争议案件，可以派出调解员就地进行调解。
当事人一方因正当的或者对方当事人可以谅解的理由不参加调解或者中途退出调解的，可以延期调解。
一方当事人不愿意继续调解的，应当终止调解。
除双方当事人要求外，调解不公开进行。
4、调解终结。调解成立的，双方当事人应签署调解协议，或签订新的合同。
调解不成立或当事人不履行调解协议的，应告知当事人根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，或向人民法院起诉。
调解终结后，应制作调解终结书，并由调解员署名，加盖合同争议调解专用章。
法律依据：《中华人民共和国人民调解法》
第三条人民调解委员会调解民间纠纷，应当遵循下列原则：
(一)在当事人自愿、平等的基础上进行调解;
(二)不违背法律、法规和国家政策;
(三)尊重当事人的权利，不得因调解而阻止当事人依法通过仲裁、行政、司法等途径维护自己的权利。
第四条人民调解委员会调解民间纠纷，不收取任何费用。
第五条国务院司法行政部门负责指导全国的人民调解工作，县级以上地方人民政府司法行政部门负责指导本行政区域的人民调解工作。
基层人民法院对人民调解委员会调解民间纠纷进行业务指导。
第六条国家鼓励和支持人民调解工作。县级以上地方人民政府对人民调解工作所需经费应当给予必要的支持和保障，对有突出贡献的人民调解委员会和人民调解员按照国家规定给予表彰奖励。