法律分析：
在财务工作实践中，有时的确会出现实报金额不等于发票金额的情况。可分两种情况处理：
1、实际报销金额没有比发票金额小多少，或者实际申报时间被抹掉。这种情况可以按照实际报告的金额直接入账，不需要增加任何解释，可以画蛇添足。
2、实际上报的金额比发票金额小很多，所以这个情况应该有一个合理的解释报销代理人可根据实际情况作出书面说明，并作为报销发票附件办理报销签字手续。按照说明中的金额进行实际报销后，即可入账。
法律依据：
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》
第六条 发票准印证由国家税务总局统一监制，省税务局核发。
税务机关应当对印制发票企业实施监督管理，对不符合条件的，应当取消其印制发票的资格。
第七条 全国统一的发票防伪措施由国家税务总局确定，省税务局可以根据需要增加本地区的发票防伪措施,并向国家税务总局备案。
发票防伪专用品应当按照规定专库保管，不得丢失。次品、废品应当在税务机关监督下集中销毁。
第八条 全国统一发票监制章是税务机关管理发票的法定标志，其形状、规格、内容、印色由国家税务总局规定。
《增值税专用发票使用规定》 第十一条 专用发票应按下列要求开具：
（一）项目齐全，与实际交易相符；
（二）字迹清楚，不得压线、错格；
（三）发票联和抵扣联加盖财务专用章或者发票专用章；
（四）按照增值税纳税义务的发生时间开具。对不符合上列要求的专用发票，购买方有权拒收。因此，使用防伪税控系统开具增值税发票的纳税人，于开具后的发票上写，此发票为无效票。