北禅寺位于唐朝鄯州湟水北的土楼山峭崖间，历史上称为土楼山寺、永兴寺、北禅寺、土楼观。始建于北魏。《水经注》中说：“上有土楼，北依山原，峰高三百尺，有若削成楼，下有神祠，雕墙故壁存焉”。 北禅寺多用洞窟建成，北魏壁画存于悬崖岩洞中。
“文化大革命”中，北禅寺中的佛像和古物毁损严重，唯余大雄宝殿、天王殿、五观堂、一眼井、一尊玉佛、一口古钟而已，寺内存有一棵十分茂盛的树龄约一百五十年左右芒果树。十一届三中全会以后，北禅寺归还佛教界，由乐和居士施资修复，重塑佛像。
1995年建祖师亭、钟亭和宿舍。1998年重修大殿，当年12月10日重修工地上出土一块石碑，碑文曰：“华林了庵完公禅师寿域”，碑右侧有“成化元年……三月立”七字，左侧尚余“本山”二字。后来，又建念佛堂一座。
北禅寺的历史价值在于曾为民族英雄李纲重建，也是福州地区仅有的几处李纲遗迹之一，可供后人凭吊。
北禅寺现任住持法贤法师，祖籍四川南溪，1993年出家，师从新加坡莲山双林寺上真下圆法师。1994年于曹溪南华寺上佛下源老和尚座下受具足戒。20xx年毕业于新加坡光明山佛学院，20xx年起至今担任本寺住持，除主持本寺法务之外，又至力于救济灾民和扶持教育，为本寺的修复作了重大贡献。
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