景区内植被茂密，覆盖度高，植被类型较丰富，大部分为亚热带原生性较1强的次生林。在河谷两侧斜坡上有原生性较强的石灰岩山地常绿、落叶阔叶混交林和竹林;在河流周期性淹没的河漫滩上以及河流两岸水边，有以窄叶蚊母树、长柄竹叶榕、河滩冬青及二翅六道木为优势的河滩灌丛;在河谷以上低中山黄壤分布地区，有以马尾松林为优势的人工针叶林。风景区内植物种类丰富，有维管束植物414种，分别隶属275属116科。其中有不少种类的珍稀植物，如国家一级重点保护植物红豆杉、国家二级重点保护植物榉树、香果树、木荚红豆树、三尖杉、银杏等。
景区记录鸟类共计122种，占全省鸟种的28.2%，隶属14目35科，属于国家二级保护的珍稀鸟类有13种，即鸳鸯、鸢、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、白尾鹞、红隼、红腹锦鸡、白冠长尾雉、草鴞、斑头鸺鶹、褐林鴞和灰林鴞。其中尤以鸳鸯和白冠长尾雉最为重要，不仅因本地区为鸳鸯的繁殖地，而且在黔中地区，这两种珍禽仅在此发现如此多的种群。本区共有观赏鸟类87种，其纤巧秀丽的体形、艳丽缤纷的羽色、婉转多变的鸣声，与山、水、林洞相得益彰，互相辉映，形成景区内一道道动态的景观。共有食虫鸟96种，占全区鸟种的78.7%，对控制昆虫数量，维护区内生态平衡起着重要作用。
景区内共有兽类45种，隶属8目15科。其中鬣羚，斑羚、猕猴、藏酋猴、小灵猫、林麝 、豹猫、等8种国家二级保护珍稀动物，猕猴、藏酋猴在区内较为常见。
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