迟到两小时扣一天工资不合法。
劳动者迟到，用人单位扣一天工资的规定是不具有法律效力的，用人单位的行为属于一种无故克扣工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳动仲裁。
扣工资的条件具体如下：
1、职工因个人主观原因没有完成生产任务，并非身体问题等所致，单位可扣减其工资。扣后工资不能低于本市最低工资标准；
2、职工违反劳动纪律，并造成单位损失时。单位因此扣减工资，每月扣减比例必须小于该职工月工资的20%；/3、职工请事假/4、按照缺勤一天扣一天的工资计算；
5、职工请病假，按照病假工资发放，可以扣减其绩效或生产性奖励等。
综上所述，劳动者迟到，用人单位扣一天工资的规定是不具有法律效力的，用人单位的行为属于一种无故克扣工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳动仲裁。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
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