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RNA提取、逆转录和PCR

2024-01-10 来源:欧得旅游网
总RNA的提取

一、仪器及试剂:

仪器:低温高速离心机;紫外分光光度计;高精度加样器及枪头:0.5-10uL、20-200uL、200-1000uL;EP管等

试剂:天根总RNA提取试剂盒;氯仿;无水乙醇等。 样品:大鼠外周血或单个核细胞等。

二、实验步骤(准备工作:RD和RW加无水乙醇):

1、细胞悬液:离心去上清,5-10×106细胞加RZ 1ml(新鲜血液:0.25ml血+0.75mlRZ裂解液),室温 5min;

2、 加 200ul 氯仿,震荡混匀 15s,室温 3min;

3、 4℃12000rpm 离心 10min,上层水相层转移至新管(无 RNase)中; 4、 加 0.5 倍体积(500ul)无水乙醇,混匀; 5、 上柱,4℃12000rpm 离心 30s,弃废液;

6、 加 500ulRD,4℃12000rpm 离心 30s,弃废液;

7、 加 600ulRW,室温 2min,4℃12000rpm 离心 30s,弃废液; 8、 重复上一步;

9、 换新收集管,4℃12000rpm 离心 2min,弃废液; 10、 换新收集管,加 30-100ulRNase-free ddH2O,室温 2min,4℃12000rpm 离心 2min;

11、浓度及纯度检测; 12、保存在-70℃。

总 RNA逆转录成 cDNA

一、仪器及试剂:

仪器:低温高速离心机;高精度加样器及枪头:0.5-10uL、20-200uL、200-1000uL;EP管等

试剂:RevertAid™ First Strand cDNA Synthesis Kit。 样品:大鼠总RNA。

二、实验步骤:

1. 冰上充分溶解逆转录试剂盒中的相关试剂和 RNA。 2. 取 PCR 管,冰上依次加入以下试剂: Oligo(dT) 1ul 总 RNA 0.1 ng - 5 µg(1ul) 加 RNase-free 水至 12ul,混匀。 3. 4℃微离心(5000r/min×5sec) 。4. 置 PCR 管与 PCR仪中,65℃孵育5min,迅速置冰上,微离心。 5. 依次加入以下试剂:

5×reaction buffer 4ul RiboLock™ RNase Inhibitor (20 u/μl) 1ul 10 mM dNTP Mix 2ul

M-MLV 1ul 6. 混匀,4℃微离心。 7. 置 PCR 管于 PCR仪中,42℃孵育60min,再于 70℃孵育 5min,终止反应。 8. 合成的 cDNA 于-20℃保存一周备用。

普通PCR反应和琼脂糖电泳

一、仪器及试剂: 仪器:普通离心机;PCR仪;高精度加样器及枪头:0.5-10uL、20-200uL、200-1000uL;EP管等。

试剂:DNA Marker-B、2×PCR Master Mix、Ⅰ型核酸染色剂、GAPDH或β-actin引物、目的基因引物、上样缓冲液、1×TBE缓冲液、琼脂糖凝胶制胶板及梳齿等。

样品:cDNA、DNA。

二、实验步骤: 实验分三组:

实验组:(模板:cDNA;引物:目的基因)

阴性组:(模板:无;引物:GAPDH或β-actin) 阳性组:(模板:DNA;引物:GAPDH或β-actin)

PCR反应(25ul):

1. 冰上依次加入以下试剂: 2×PCR Master Mix 12.5µl 模板DNA 1ul 上游引物 0.5ul 下游引物 0.5ul RNase-free ddH2O 10.5ul

混匀后,离心5000r/min×1min,置PCR仪。

2. 反应条件:

(1)94℃预变性 5min。 (2)94℃变性 30sec Tm 温度退火 30sec 72℃延伸 5min 以上步骤 35 个循环。

琼脂糖凝胶电泳(2%的凝胶):

1. 称取0.4g琼脂糖,加入1×TBE20ml,摇匀,微波炉中加热1分钟; 2. 溶液稍冷却后至60℃,加入5ul核酸染料;

3. 胶块制作好后,向加样孔中加入DNA maker 5ul;加样孔加PCR产物10ul; 4. 电泳:电压100V,电流100mA,恒压电泳,时间45min,不跑出胶为限。 5. 将胶置于凝胶成像系统拍照保存。

荧光定量PCR

试剂:2 x Sybr Green qPCR Mix

实验步骤: 实验分三组:

实验组:(模板:cDNA;引物:目的基因)

阴性组:(模板:无;引物:GAPDH或β-actin) 内参:(模板:cDNA;引物:GAPDH或β-actin)

PCR反应(50ul):

1. 冰上依次加入以下试剂:

2 x SYBR qPCR Mix 25 ul DNA Template 2 ul Forward Primer (10 μM) 1 ul Reverse Primer (10 μM) 1 ul 加ddH2O至总体积 50 ul

PCR 循环(三步法) 94℃ 5 min 94℃ 15 sec

55-65℃ 15 sec 40cycles 72℃ 35 sec 72℃ 5min

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